對于相對分子量很大的生物大分子，使用落地式大容量垂直轉(zhuǎn)子離心機分離非常有效。在垂直轉(zhuǎn)子中，加在梯度上的樣品由于重定向作用，面積變得很大，樣品初始區(qū)帶很窄，比用水平轉(zhuǎn)子加樣量大10～20倍。生物大分子的沉降距離是離心管直徑，不是離心管長度，并且離心管插在轉(zhuǎn)子邊緣，小半徑處的離心力比水平轉(zhuǎn)子和角轉(zhuǎn)子都大，在相同體積和轉(zhuǎn)速下比使用其它轉(zhuǎn)子節(jié)約時間5～10倍。

　　在垂直轉(zhuǎn)子中也有三種因素對分離效果產(chǎn)生不力影響。首先是生物大分子通過離心管直徑一半后，管壁開始收縮，隨后壁效應(yīng)越來越嚴重。其次是梯度橫截面積大，梯度底部與頂部間距很短，區(qū)帶有不同程度的擴寬。再次是梯度的重定向過程對已經(jīng)獲得分離的區(qū)帶有不同程度的干擾。

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